Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan


Olemme ottaneet käyttöön uuden tutkimusohjekirjan.

Tätä sivustoa ei enää aktiivisesti ylläpidetä uuden tutkimusohjekirjan julkaisemisen jälkeen.

Ongelmatilanteissa ottakaa tarvittaessa yhteyttä NordLab asiakaspalveluun www.nordlab.fi

Bakteeripatogeenit, nukleiinihapon osoitus (PCR), ulosteesta

8633 F -BaktNhO

Osatutkimukset

F -CampNhO, F -EHECNhO, F -ETECNhO, F -PlesNhO, F -SalmNhO, F -ShigNhO, F -VibrNhO ja F -YersNhO

Tiedustelut

Tutkimusta tehdään seuraavissa Nordlabin aluelaboratorioissa:

Oulu: 0406356305

Rovaniemi: 0406356205

Indikaatiot

Gastroenteriitin etiologian selvittäminen. EHEC-positiivisuuden seuranta.

Esivalmistelu

Täytä lähetetiedot huolellisesti. Mikäli sähköistä lähetettä ei ole käytettävissä, tulostettava lähete löytyy osoitteesta: https://www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/mikrobiologian_ja_immunologian_tutkimusten_lahetelomake_0.pdf

Epidemiaselvitystilanteissa merkitse näyte epidemiatunnuksella.

Näyteastia

FecalSwab -kuljetusputki

Näyte

NÄYTE: Ulostenäyte FecalSwab-kuljetusputkessa (Copan). Lähetä näyte mahdollisimman nopeasti mikrobiologian laboratorioon. Tarvittaessa näytteitä voi säilyttää enintään 24h huoneenlämmössä tai 5 vrk 2-8 asteessa.

KULJETUS: FecalSwab-näytekuljetusputki läpinäkyvään suljettavaan muovipussiin pakattuna (Minigrip tai vastaava)

https://www.nordlab.fi/potilaille/laboratoriossa-asionti/valmistautuminen/ohjeet-kotona-otettaville-naytteille/

Menetelmä

Tutkimuksessa osoitetaan ulostenäytteestä reaaliaikaisella multiplex-PCR-menetelmällä seuraavien bakteeripatogeenien geenialueita:

1. Shigella/EIEC (enteroinvasiivinen E.coli): Ei erottele toisistaan shigella- ja EIEC-kantoja.

2. Campylobacter (lajit jejuni & coli): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

3. Vibrio (lajit vulnificus/parahaemolyticus/cholerae): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

4. ETEC (enterotoksigeeninen E.coli)

5. EHEC (enterohemorraaginen E.coli)

6. Salmonella

7. Plesiomonas shigelloides

8. Yersinia enterocolitica

PCR-menetelmällä positiivisista näytteistä tehdään viljely bakteerikannan tarkempaa tunnistamista, herkkyysmäärityksiä ja mahdollista tyypittämistä varten (ETEC- ja EIEC-löydöksiä ei varmisteta viljelyllä).

TULOKSET VALMIINA: PCR-testin tulokset saadaan viimeistään seuraavana arkipäivänä. Mikäli PCR-tulos on positiivinen, viljely- ja herkkyysmääritystulokset saadaan pääsääntöisesti 2-3 vrk kuluessa positiivisesta PCR-vastauksesta. THL:lta saatavien tarkempien tyypitystulosten vastausaika vaihtelee tapauskohtaisesti.

Tekotiheys

Arkipäivisin (ma-pe)

Tulkinta

Kukin osatutkimus vastataan erikseen joko positiivisena tai negatiivisena. Positiivinen PCR-tulos osoittaa bakteerin nukleiinihapon löytymistä ulosteesta.

Positiivisista näytteistä tehtävät viljelyt vastataan omana tutkimuksenaan (F-BaktJVi). Mikäli bakteeria on vähän, voi se jäädä löytymättä viljelytutkimuksessa ja tällöin herkkyysmääritystä ei voida tehdä.

Huomautuksia

VIRHELÄHTEET: Väärin otettu, kuljetettu tai säilytetty näyte. Näyte tulisi ottaa 4 vuorokauden sisällä oireiden alusta, koska patogeenien määrä on tuolloin ulosteessa korkeimmillaan. Edeltävä antimikrobihoito voi vaikuttaa tulokseen.

PCR-testi ei tunnista Yersinia pseudotuberculosista, Aeromonas-lajeja, eikä muita kampylobakteereita kuin Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Mikäli Aeromonas-laji löytyy jatkoviljelyssä sivulöydöksenä, se ilmoitetaan vastauksessa. Epäiltäessä Yersinia pseudotuberculosis-bakteerin aiheuttamaa infektiota pyydämme ottamaan yhteyttä laboratorioon.

Päivitetty 27.11.2020 / MAM

Sivun alkuun