 |
Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan
Bakteeripatogeenit, nukleiinihapon osoitus (PCR), ulosteesta
| 8633 | F -BaktNhO |
Osatutkimukset
F -CampNhO, F -EHECNhO, F -ETECNhO, F -PlesNhO, F -SalmNhO, F -ShigNhO, F -VibrNhO ja F -YersNhO
Tiedustelut
Tutkimusta tehdään seuraavissa Nordlabin aluelaboratorioissa:
Oulu: 0406356305
Rovaniemi: 0406356205
Indikaatiot
Gastroenteriitin etiologian selvittäminen. EHEC-positiivisuuden seuranta.
Esivalmistelu
Täytä lähetetiedot huolellisesti. Mikäli sähköistä lähetettä ei ole käytettävissä, tulostettava lähete löytyy osoitteesta: https://www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/mikrobiologian_ja_immunologian_tutkimusten_lahetelomake_0.pdf
Epidemiaselvitystilanteissa merkitse näyte epidemiatunnuksella.
Näyteastia
FecalSwab -kuljetusputki
Näyte
NÄYTE: Ulostenäyte FecalSwab-kuljetusputkessa (Copan). Lähetä näyte mahdollisimman nopeasti mikrobiologian laboratorioon. Tarvittaessa näytteitä voi säilyttää enintään 24h huoneenlämmössä tai 5 vrk 2-8 asteessa.
KULJETUS: FecalSwab-näytekuljetusputki läpinäkyvään suljettavaan muovipussiin pakattuna (Minigrip tai vastaava)
Menetelmä
Tutkimuksessa osoitetaan ulostenäytteestä reaaliaikaisella multiplex-PCR-menetelmällä seuraavien bakteeripatogeenien geenialueita:
1. Shigella/EIEC (enteroinvasiivinen E.coli): Ei erottele toisistaan shigella- ja EIEC-kantoja.
2. Campylobacter (lajit jejuni & coli): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.
3. Vibrio (lajit vulnificus/parahaemolyticus/cholerae): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.
4. ETEC (enterotoksigeeninen E.coli)
5. EHEC (enterohemorraaginen E.coli)
6. Salmonella
7. Plesiomonas shigelloides
8. Yersinia enterocolitica
PCR-menetelmällä positiivisista näytteistä tehdään viljely bakteerikannan tarkempaa tunnistamista, herkkyysmäärityksiä ja mahdollista tyypittämistä varten (ETEC- ja EIEC-löydöksiä ei varmisteta viljelyllä).
TULOKSET VALMIINA: PCR-testin tulokset saadaan viimeistään seuraavana arkipäivänä. Mikäli PCR-tulos on positiivinen, viljely- ja herkkyysmääritystulokset saadaan pääsääntöisesti 2-3 vrk kuluessa positiivisesta PCR-vastauksesta. THL:lta saatavien tarkempien tyypitystulosten vastausaika vaihtelee tapauskohtaisesti.
Tekotiheys
Arkipäivisin (ma-pe)
Tulkinta
Kukin osatutkimus vastataan erikseen joko positiivisena tai negatiivisena. Positiivinen PCR-tulos osoittaa bakteerin nukleiinihapon löytymistä ulosteesta.
Positiivisista näytteistä tehtävät viljelyt vastataan omana tutkimuksenaan (F-BaktJVi). Mikäli bakteeria on vähän, voi se jäädä löytymättä viljelytutkimuksessa ja tällöin herkkyysmääritystä ei voida tehdä.
Huomautuksia
VIRHELÄHTEET: Väärin otettu, kuljetettu tai säilytetty näyte. Näyte tulisi ottaa 4 vuorokauden sisällä oireiden alusta, koska patogeenien määrä on tuolloin ulosteessa korkeimmillaan. Edeltävä antimikrobihoito voi vaikuttaa tulokseen.
PCR-testi ei tunnista Yersinia pseudotuberculosista, Aeromonas-lajeja, eikä muita kampylobakteereita kuin Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Mikäli Aeromonas-laji löytyy jatkoviljelyssä sivulöydöksenä, se ilmoitetaan vastauksessa. Epäiltäessä Yersinia pseudotuberculosis-bakteerin aiheuttamaa infektiota pyydämme ottamaan yhteyttä laboratorioon.
Päivitetty 27.11.2020 / MAM