Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan

Bakteeripatogeenit, nukleiinihapon osoitus (PCR), ulosteesta

8633 F -BaktNhO

Osatutkimukset

F -CampNhO, F -EHECNhO, F -ETECNhO, F -PlesNhO, F -SalmNhO, F -ShigNhO, F -VibrNhO ja F -YersNhO

Tiedustelut

Tutkimusta tehdään seuraavissa Nordlabin aluelaboratorioissa:

Oulu: 0406356305

Rovaniemi: 0406356205

Indikaatiot

Gastroenteriitin etiologian selvittäminen. EHEC-positiivisuuden seuranta.

Esivalmistelu

Täytä lähetetiedot huolellisesti. Mikäli sähköistä lähetettä ei ole käytettävissä, tulostettava lähete löytyy osoitteesta: www.nordlab.fi/fi/terveydenhuollon-ammattilaisille/tutkimuslahetteet

Epidemiaselvitystilanteissa merkitse näyte epidemiatunnuksella.

Näyteastia

FecalSwab -kuljetusputki

Näyte

NÄYTE: Ulostenäyte FecalSwab-kuljetusputkessa (Copan). Lähetä näyte mahdollisimman nopeasti mikrobiologian laboratorioon. Tarvittaessa näytteitä voi säilyttää enintään 24h huoneenlämmössä tai 5 vrk 2-8 asteessa.

KULJETUS: FecalSwab-näytekuljetusputki läpinäkyvään suljettavaan muovipussiin pakattuna (Minigrip tai vastaava)

https://www.nordlab.fi/fi/terveydenhuollon-ammattilaisille/naytteenotto-ohjeet

Menetelmä

Tutkimuksessa osoitetaan ulostenäytteestä reaaliaikaisella multiplex-PCR-menetelmällä seuraavien bakteeripatogeenien geenialueita:

1. Shigella/EIEC (enteroinvasiivinen E.coli): Ei erottele toisistaan shigella- ja EIEC-kantoja.

2. Campylobacter (lajit jejuni & coli): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

3. Vibrio (lajit vulnificus/parahaemolyticus/cholerae): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

4. ETEC (enterotoksigeeninen E.coli)

5. EHEC (enterohemorraaginen E.coli)

6. Salmonella

7. Plesiomonas shigelloides

8. Yersinia enterocolitica

PCR-menetelmällä positiivisista näytteistä tehdään viljely bakteerikannan tarkempaa tunnistamista, herkkyysmäärityksiä ja mahdollista tyypittämistä varten (ETEC- ja EIEC-löydöksiä ei varmisteta viljelyllä).

TULOKSET VALMIINA: PCR-testin tulokset saadaan viimeistään seuraavana arkipäivänä. Mikäli PCR-tulos on positiivinen, viljely- ja herkkyysmääritystulokset saadaan pääsääntöisesti 2-3 vrk kuluessa positiivisesta PCR-vastauksesta. THL:lta saatavien tarkempien tyypitystulosten vastausaika vaihtelee tapauskohtaisesti.

Tekotiheys

Arkipäivisin (ma-pe)

Tulkinta

Kukin osatutkimus vastataan erikseen joko positiivisena tai negatiivisena. Positiivinen PCR-tulos osoittaa bakteerin nukleiinihapon löytymistä ulosteesta.

Positiivisista näytteistä tehtävät viljelyt vastataan omana tutkimuksenaan (F-BaktJVi). Mikäli bakteeria on vähän, voi se jäädä löytymättä viljelytutkimuksessa ja tällöin herkkyysmääritystä ei voida tehdä.

Huomautuksia

VIRHELÄHTEET: Väärin otettu, kuljetettu tai säilytetty näyte. Näyte tulisi ottaa 4 vuorokauden sisällä oireiden alusta, koska patogeenien määrä on tuolloin ulosteessa korkeimmillaan. Edeltävä antimikrobihoito voi vaikuttaa tulokseen.

PCR-testi ei tunnista Yersinia pseudotuberculosista, Aeromonas-lajeja, eikä muita kampylobakteereita kuin Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Epäiltäessä Yersinia pseudotuberculosis-bakteerin aiheuttamaa infektiota pyydämme ottamaan yhteyttä laboratorioon.

Päivitetty 18.01.2019 / JT

Sivun alkuun