Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan

Bakteeripatogeenit, nukleiinihapon osoitus (PCR), ulosteesta

8633 F -BaktNhO

Osatutkimukset

F -CampNhO, F -EHECNhO, F -ETECNhO, F -PlesNhO, F -SalmNhO, F -ShigNhO, F -VibrNhO ja F -YersNhO

Asiantuntijat

lääkäri Jari Kauranen: jari.kauranenatnordlab.fi / 040-6356278 ja sairaalamikrobiologi Laura Savolainen: laura.savolainenatnordlab.fi / 040 6356452

Indikaatiot

Bakteeriperäiseksi epäillyn suolistoinfektion etiologian tutkiminen.

Esivalmistelu

Mikrobiologian lähete, OML http://www.nordlab.fi/sites/default/files/pdf_uploads/oml_mlah.pdf

Lähetteessä tulee mainita: kliininen diagnoosi ja kysymyksenasettelu. Edeltävä ulkomaanmatka ja sen kohde. Liittyykö tapaus epidemiaan? Lähettäjän yhteystiedot (myös puh.numero).

Näyteastia

FecalSwab -kuljetusputki

Näyte

Ulostenäyte FecalSwab -näytekuljetusputkessa (Copan). Näytteitä voi säilyttää 24h huoneenlämmössä, tai 5 vrk jääkaappilämpötilassa.

Menetelmä

Tutkimuksessa osoitetaan ulostenäytteestä reaaliaikaisella multiplex PCR-menetelmällä seuraavien bakteeribatogeenien geenialueita:

1. Shigella/EIEC (enteroinvasiivinen E.coli): Ei erottele toisistaan shigella- ja EIEC-kantoja.

2. Campylobacter (lajit jejuni & coli): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

3. Vibrio (lajit vulnificus/parahaemolyticus/cholerae): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

4. ETEC (enterotoksigeeninen E.coli)

5. EHEC (enterohemorraaginen E.coli)

6. Salmonella

7. Plesiomonas shigelloides

8. Yersinia enterocolitica.

PCR-menetelmällä positiivisista näytteistä tehdään automaattisesti viljely kyseessä olevan bakteerikannan tarkempaa tunnistamista, tarvittavia herkkyysmäärityksiä ja mahdollista tyypittämistä varten. (ETEC- ja EIEC-löydöksiä ei varmisteta viljelyllä.)

Tekotiheys

Arkipäivisin (ma-pe)

Tulkinta

Kukin osatutkimus vastataan erikseen POSIT tai NEGAT.

Positiivisista näytteistä tehtävät viljelyt vastataan omana tutkimuksenaan (F-BaktJVi)

Löydöksistä konsultoidaan voimassa olevien määräysten ja sopimusten mukaisesti suolistoinfektioepidemioiden selvityksestä vastuussa olevia terveydenhuoltoviranomaisia.

TULOKSET VALMIINA: PCR-testien tulokset saadaan viimeistään seuraavana arkipäivänä.

Huomautuksia

VIRHELÄHTEET: Väärin otettu, kuljetettu tai säilytetty näyte. Edeltävä antimikrobihoito voi vaikuttaa tulokseen.

PCR-testi ei tunnista Yersinia pseudotuberculosista, Aeromonas-lajeja, eikä muita kampylobakteereita kuin C.jejuni ja C.coli.

Päivitetty 28.02.2018 / KJ

Sivun alkuun