 |
Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan
B -Koko eksomi trio (WES) tutkimus
| 11831 | B -WESTR-D |
Asiantuntijat
sairaalageneetikko Teija Paakkola: teija.paakkola
nordlab.fi / 040 1495002 ja sairaalageneetikko Marja-Leena Väisänen: marja-leena.vaisanennordlab.fi / 040-635 6302
Indikaatiot
Potilaan genomin koodaavien alueiden (eksonien) sekvensointi silloin, kun diagnoosi on avoin.
Näyteastia
EDTA-putki 5 ml
Näyte
Näytteeksi otetaan 5 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen mukaan liitetään Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. https://www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf
LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.
Menetelmä
Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.
Tekotiheys
2x/kk, vastausaika 4-8 vk
Yleistä
TWIST Comprehensive eksome kokoeksomipaneeli kattaa 36.8 Mb:n kohdealueen genomin eksonisisällöstä (21589 geeniä)
Tulkinta
Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve. Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Myös suuret Mb-kokoluokkaa olevat kopiolukumuutokset, mm. tunnetut mikrodeleetio ja -duplikaatio oireyhtymät voidaan havaita, mutta katkoskohtien tarkka määritys ei ole mahdollista, koska geenien välisiltä ja intronisilta alueilta ei menetelmällä saada sekvenssiä. Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit. Sivulöydökset raportoidaan ACMG suositusten mukaisesti, mikäli tutkittava sitä toivoo (tietoon perustuva suostumus). Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset variantit ACMG SF v3.0 sivulöydöslistan geeneissä.
Huomautuksia
Tulkinnan kannalta on tärkeää, että lähete sisältää potilaan kliiniset esitiedot ja sukuhistorian mahdollisimman kattavasti ja tarkasti. Tutkimuspyynnön mukana tulee olla tilaajan ja potilaan yhdessä täyttämä ja allekirjoittama suostumuslomake: Tietoon perustuva suostumus laajoihin geenitutkimuksiin, joka löytyy laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. https://www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/04/tietoon_perustuva_suostumus_nordlab.pdf. Trio-eksomitutkimuksessa vanhempien näytteitä ei analysoida kokonaisuudessaan vaan ne ovat apuna potilaan diagnoosin selvittämisessä sekä potilaalla todettujen varianttien merkityksen arvioinnissa.
Päivitetty 17.03.2023 / MLV