Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan

Molekyylikaryotyypitys, 850Karray, verestä

11661 B -MK_850K

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 040 6356315 tai 040 6356280

Asiantuntijat

sairaalageneetikko Hannaleena Kokkonen: hannaleena.kokkonenatnordlab.fi / 040-635 6280 ja sairaalageneetikko Hannele Räsänen: hannele.rasanenatnordlab.fi / 0406356294

Indikaatiot

Sikiödiagnostiikka: poikkeava ultraäänilöydös, perheen/suvun aikaisempi kromosomipoikkeavuus. Kehityshäiriödiagnostiikka: jatkoselvitykset ihonäytteestä, kehityshäiriöissä, kun tutkittavalle on tehty allogeeninen luuydinsiirto

Näyteastia

EDTA-putki 5 ml

Näyte

NÄYTE: Näytteeksi otetaan 5 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen mukaan liitetään Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi ja sieltä valitsemalla Lähetteet/Genetiikan laboratorio, NordLab Oulu).

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte lähetetään välittömästi genetiikan laboratorioon (S6E 1. krs). OYS:n ulkopuolella otettu näyte pakataan huolellisesti ja lähetetään pika- tai ykköspostissa osoitteeseen: NordLab Oulu, Genetiikan laboratorio, PL 500, 90029 OYS.

Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa.

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (Infinium CytoSNP-850K, Illumina), joka sisältää lähes 850 000 (850K) SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen kohdennetusti 1 kb ja kaiken kaikkiaan 1.8 kb välein koko ihmisen genomin. Potilaan DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla (NextSeq550, Illumina), muutetaan numero- ja kuvatiedostoiksi ja analysoidaan käyttäen GenomeStudio-, KaryoStudio- sekä BlueFuseMulti -analysointiohjelmia (Illumina). Menetelmän erotuskyky on n. 10 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 18 kb koko genomin alueella. Kopiomäärän muutoksien lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa homotsygoottiset SNP-alueet (hmz, alle 10 Mb alueita ei raportoida) ja mahdollinen UPD (heterodisomiaepäilyissä on tutkittava myös vanhemmat) ja suhteellisen alhainen mosaikismi. Tutkimus ei tunnista tasapainossa olevia kromosomimuutoksia, kuten translokaatioita tai inversioita. Akkreditoitu menetelmä.

Tekotiheys

joka viikko

Tulokset valmiina

Noin 8 viikossa

Yleistä

Molekyylikaryotyypityksessä (MK) tutkitaan koko genomista kopiomäärän muutoksia (cnv) käyttäen hyväksi DNA mikrosirutekniikoita. Molekyylikaryotyypityksen yleistyessä sen avulla on löydetty useita uusia mikrodeleetio - ja duplikaatio-oireyhtymiä ja se on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa. Lisäksi siruilla, joissa cnv-oligojen lisäksi on mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. UPD:n varmistamiseksi ja alkuperän selvittämiseksi tarvitaan näytteet molemmista vanhemmista SNP-genotyyppianalyysiä varten. Koska molekyylikaryotyyppauksessa mitataan perimässä olevia kopiomäärän muutoksia, tutkimus ei havaitse tasapainossa olevia rakennemuutoksia (translokaatio, inversio) eikä alle 10% mosaikismia.

Tulkinta

Tutkimuksessa havaittujen kopiomäärämuutosten tai uniparentaalidisomian tulkinnassa (harmiton/patologinen muutos) ja patologisten muutosten geenisisällön analysoimisessa käytetään apuna eri tietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Jos tutkittavalla on yli 10 Mb kokoinen homotsygotia-alue, liitetään lausunnon mukaan taulukko, jossa on kaikki yli 1 Mb kokoiset hmz-alueet sekä tarvittavat tiedot alueiden geenien tutkimiseksi.

Päivitetty 28.02.2019 / HR

Sivun alkuun