Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan

Molekyylikaryotyypitys, 850Karray, kudoksesta

11660 Ts-MK_850K

Tiedustelut

Genetiikan laboratorio, puh. 040 6356315 tai 040 6356280

Asiantuntijat

sairaalageneetikko Hannaleena Kokkonen: hannaleena.kokkonenatnordlab.fi / 040-635 6280 ja sairaalageneetikko Hannele Räsänen: hannele.rasanenatnordlab.fi / 0406356294

Indikaatiot

Sikiödiagnostiikka: poikkeava ultraäänilöydös. Kehityshäiriödiagnostiikka: kehityshäiriöissä ja tunnettujen mikrodeleetio/duplikaatio-oireyhtymäepäilyissä submikroskooppisten kromosomimuutosten selvittely. Hematologia: ALL-potilaat diagnoosivaiheessa, soveltuu myös muille potilasryhmille kuten esim. KLL:aan ja MDS:aan, kun halutaan selvittää deleetioita, duplikaatioita, UPD-alueita tai kromosomilukua (esim. haploidinen, diploidinen, triploidinen).

Esivalmistelu

Näytteenottoa varten varataan näytteenottoastia (verinäytteet ja sikiönäytteet), jossa on valmiina ravintonestettä (tilaus genetiikan laboratoriosta). Luuydinnäytteet voidaan ottaa EDTA-putkeen (5ml) tai BD Vacutainer CPT Cell preparation tube with sodium citrate for the separation of mononuclear cells from whole blood sterile interior ref. 362760 4 ml draw capacity (13x100 mm tube size)

Näyte

NÄYTE: Lapsivedestä: näytteeksi otetaan noin 20 ml lapsivettä steriilisti ohuella neulalla ja ruiskulla vatsanpeitteiden läpi, tavallisesti 15.-16. raskausviikolla. Ensimmäiset millilitrat lapsivettä otetaan pikkuruiskuun äidin solujen kontaminaation välttämiseksi. Tästä lapsivedestä ei viljelyä tehdä. Jos näytettä joudutaan säilyttämään, pidetään se huoneenlämmössä.

Istukasta: näytteeksi otetaan n. 30 mg istukkaa näytteenottoon tarkoitetulla neulalla ja ruiskulla ultraääniohjauksessa vatsanpeitteiden läpi, tavallisesti 10.-12. raskausviikolla. Näyte laitetaan steriiliin viljelypulloon, jossa on ravintonestettä.

Ihosta: näytteeksi otetaan steriilisti veitsellä (tai stanssilla) 1-2 mm paksuinen ja 0.5-1 cm pituinen palanen esim. kyynärvarren ihoa. Ihopalanen laitetaan steriiliin putkeen tai purkkiin, joka on täynnä ravintonestettä.

Luuytimestä: Luuytimestä: BD Vacutainer CPT Cell preparation tube with sodium citrate for the separation of mononuclear cells from whole blood sterile interior ref. 362760 4 ml draw capacity (13x100 mm tube size) (1x4 ml luuydinnäytettä putkeen). Näytteenoton jälkeen putki säilytetään pystyasennossa sentrifugointiin asti. Näyte on sentrifugoitava 2 tunnin sisällä näytteenotosta. Vaihtoehtoisesti myös luuydinnäyte EDTA-putkessa (5 ml) soveltuu tutkimukseen.

Näytteen mukaan liitetään Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi ja sieltä valitsemalla Lähetteet/Genetiikan laboratorio, NordLab Oulu).

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte lähetetään välittömästi genetiikan laboratorioon (S6E 1. krs). OYS:n ulkopuolella otettu näyte pakataan huolellisesti ja lähetetään pika- tai ykköspostissa osoitteeseen: NordLab Oulu, Genetiikan laboratorio, PL 500, 90029 OYS. Lapsivesi- ja istukkanäytteet pakataan termospulloihin/styrox-laatikkoon: näyte ei saa kylmettyä kuljetuksen aikana. Lapsivesi- ja istukkanäytteistä on ilmoitettava etukäteen puh. 040 6356315.

Jos näytettä joudutaan säilyttämään, laitetaan se jääkaappiin (istukka, iho). Lapsivesinäyte säilytetään huoneenlämmössä.

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (Infinium CytoSNP-850K, Illumina), joka sisältää lähes 850 000 (850K) SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen kohdennetusti 1 kb ja kaiken kaikkiaan 1.8 kb välein koko ihmisen genomin. Potilaan DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla (NextSeq550, Illumina), muutetaan numero- ja kuvatiedostoiksi ja analysoidaan käyttäen GenomeStudio-, KaryoStudio- sekä BlueFuseMulti -analysointiohjelmia (Illumina). Menetelmän erotuskyky on n. 10 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 18 kb koko genomin alueella. Kopiomäärän muutoksien lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa homotsygoottiset SNP-alueet (hmz, alle 10 Mb alueita ei raportoida) ja mahdollinen UPD (heterodisomiaepäilyissä on tutkittava myös vanhemmat) ja suhteellisen alhainen mosaikismi. Tutkimus ei tunnista tasapainossa olevia kromosomimuutoksia, kuten translokaatioita tai inversioita. Akkreditoitu menetelmä.

Tekotiheys

joka viikko

Tulokset valmiina

5-8 viikkoa, sikiödiagnostiset näytteet 1-2 viikkoa

Yleistä

Molekyylikaryotyypityksessä (MK) tutkitaan koko genomista kopiomäärän muutoksia (cnv) käyttäen hyväksi DNA mikrosirutekniikoita. Molekyylikaryotyypityksen yleistyessä sen avulla on löydetty useita uusia mikrodeleetio - ja duplikaatio-oireyhtymiä ja se on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa. Lisäksi siruilla, joissa cnv-oligojen lisäksi on mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. UPD:n varmistamiseksi ja alkuperän selvittämiseksi tarvitaan näytteet molemmista vanhemmista SNP-genotyyppianalyysiä varten. Koska molekyylikaryotyyppauksessa mitataan perimässä olevia kopiomäärän muutoksia, tutkimus ei havaitse tasapainossa olevia rakennemuutoksia (translokaatio, inversio) eikä alle 10% mosaikismia.

Tulkinta

Tutkimuksessa havaittujen kopiomäärämuutosten tai uniparentaalidisomian tulkinnassa (harmiton/patologinen muutos) ja patologisten muutosten geenisisällön analysoimisessa käytetään apuna eri tietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Jos tutkittavalla on yli 10 Mb kokoinen homotsygotia-alue, liitetään lausunnon mukaan taulukko, jossa on kaikki yli 1 Mb kokoiset hmz-alueet sekä tarvittavat tiedot alueiden geenien tutkimiseksi.

ALL-potilaiden tutkimuksessa raportoidaan UKALL CNA-profiilin mukaiset muutokset koosta riippumatta ja muut havaitut muutokset, jotka ovat kooltaan vähintään 1 Mb tai niiden on todettu tutkimuksissa liittyvän leukemian ennusteeseen.

Huomautuksia

Kiireellisistä näytteistä on sovittava erikseen ja niistä peritään lisämaksu.

Päivitetty 26.02.2019 / HR

Sivun alkuun