Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan


Olemme ottaneet käyttöön uuden tutkimusohjekirjan.

Tätä sivustoa ei enää aktiivisesti ylläpidetä uuden tutkimusohjekirjan julkaisemisen jälkeen.

Ongelmatilanteissa ottakaa tarvittaessa yhteyttä NordLab asiakaspalveluun www.nordlab.fi

Perinnöllinen kolorektaalisyöpä, NGS-geenipaneeli: Lynchin syndrooma

11626 B -LYNCH-D

Asiantuntijat

sairaalageneetikko Teija Paakkola: teija.paakkolaatnordlab.fi / 040 1495002 ja sairaalageneetikko Marja-Leena Väisänen: marja-leena.vaisanenatnordlab.fi / 040-635 6302

Indikaatiot

Epäily Lynchin oireyhtymästä eli ei-polypoottisesta paksusuolisyöpäalttiudesta silloin, kun suvun mutaatio on tuntematon.

Näyteastia

EDTA-putki 5 ml

Näyte

Näytteeksi otetaan 5 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen mukaan liitetään Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) valitsemalla Lähetteet ja lomakkeet: Genetiikan laboratorio, NordLab Oulu.

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista.

Tutkimus sisältää geenit: MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger sekvensoinnilla tai MLPA-tutkimuksella. Yleisimmän MLH1-geenin Suomessa esiintyvän mutaation, 3.5 kb:n deleetion (ns. mut1) osoitus tehdään PCR/fragmenttianalyysillä.

Tekotiheys

2x/kk, vastausaika 4-8 vk

Yleistä

Lynchin syndrooma (HNPCC, perinnöllinen ei-polypoottinen kolorektaalisyöpä) on yleisin perinnöllinen paksunsuolensyöpä ja kaikista paksusuolisyövistä noin 5%:n arvioidaan aiheutuvan Lynchin syndroomasta (LS). LS periytyy autosomissa dominantisti ja suomalaisväestössä MLH1 geenin kolme valtamutaatiota aiheuttaa noin 60% tapauksista.

NGS-geenipaneeli sisältää seuraavat geenit: MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.

Päivitetty 17.03.2023 / MLV

Sivun alkuun