 |
Tutkimusohjekirjan etusivu. Hakemisto erikoisalan, nimen, lyhenteen tai tutkimusnumeron mukaan
Non-dystrofinen synnynnäinen myotonia/ionikanavataudit NGS-geenipaneeli
| 11621 | B -CMCN-D |
Asiantuntijat
sairaalageneetikko Teija Paakkola: teija.paakkola
nordlab.fi / 040 1495002 ja sairaalageneetikko Marja-Leena Väisänen: marja-leena.vaisanennordlab.fi / 040-635 6302
Indikaatiot
Kliininen epäily kongenitaalisesta myotoniasta tai muusta ionikanavataudista: lihasjäykkyys, lihasten hypertrofia, EMG-löydökset, jaksottaiset halvausoireet, ajoittainen ataksia.
Näyteastia
EDTA-putki 5 ml
Näyte
Näytteeksi otetaan 5 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen mukaan liitetään Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) valitsemalla Lähetteet ja lomakkeet: Genetiikan laboratorio, NordLab Oulu.
LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä
Menetelmä
Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.
Tekotiheys
2x/kk, vastausaika 4-8 vk
Yleistä
Ionikanavataudit ovat heterogeeninen ja yleensä periytyvä tautiryhmä, jossa ionikanavageenien mutaatiot aiheuttavat muutoksia solujen välisessä viestinnässä, jotka ilmenevät lihasten toimnnan häiriöinä. Yleisin tämän ryhmän taudeista on kongenitaalinen myotonia (MC), vallitsevasti periytyvä Thomsenin tai peittyvästi periytyvä Beckerin myotonia, jonka aiheuttavat kloridikanavageenin CLCN1 mutaatiot. Kliinisesti samantyyppinen sairaus on kongenitaalinen paramyotonia (PMC), joka on natriumkanavatauti ja aiheutuu SCN4A-geenin mutaatioista. Muita ionikanavien toimintaan liittyvia sairauksia ovat mm. hypokaleeminen periodinen paralyysi (HOKPP), hyperkaleeminen periodinen paralyysi (HYPP) sekä ajoittaiset ataksiat (EA).
NGS-geenipaneeli sisältää seuraavat geenit(13): ATP1A3 ATP2A1 CACNA1A CACNA1S CACNB4 CLCN1 HINT1 KCNA1 KCNE3 KCNJ2 SCN2A SCN4A SLC1A3.
Tulkinta
Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.
Päivitetty 17.03.2023 / MLV